淋菌性咽喉炎主要通过抗生素治疗，一般使用头孢曲松等抗生素，通常规范治疗后可取得较好效果。
治疗药物选择
头孢曲松： 是常用的治疗淋菌性咽喉炎的药物，它属于第三代头孢菌素类抗生素，通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用。大观霉素： 对于一些对头孢菌素耐药的情况可能会选用大观霉素，它主要作用于细菌的核糖体，抑制细菌蛋白质的合成。
治疗中的注意事项
性伴侣同时检查治疗： 淋菌性咽喉炎往往是通过性接触传播的，所以患者的性伴侣也需要同时进行检查，如果发现感染也需要一起治疗，避免交叉感染，一般建议在治疗期间避免性行为。规范足疗程用药： 一定要按照医生规定的疗程用药，不能自行停药。如果用药不规范，可能导致病情迁延不愈，还可能产生耐药性。比如一般需要连续用药一定的天数，如3 - 7天左右，具体根据病情严重程度等因素决定。
特殊人群的处理
孕妇患者： 孕妇感染淋菌性咽喉炎时用药需要特别谨慎，要选择对胎儿影响小的药物。例如，头孢曲松相对来说在孕妇中的安全性相对较高，但也需要在医生的严密监测下使用，医生会权衡治疗效益和可能的风险来选择合适的药物及制定治疗方案。儿童患者： 儿童感染淋菌性咽喉炎较为少见，但如果发生，用药需要严格按照儿童的体重等情况来调整剂量。一般会选择相对安全的抗生素，并且要密切观察用药后的反应，因为儿童的肝肾功能等还在发育中，药物代谢等与成人有差异。