三天内吃两次紧急避孕药可能引发诸多不良后果，包括胃肠道反应、乳房胀痛、阴道不规则流血、内分泌失调、代谢功能障碍以及血栓形成等。
一、胃肠道反应：
紧急避孕药通常含有雌激素和孕激素等成分，这些成分摄入后可能对胃产生刺激，从而引发胃肠道不适，主要表现为恶心、呕吐等症状。这属于正常的药物不良反应，一般这种不适通常持续时间较短，不会超过24小时。
二、乳房胀痛：
紧急避孕药作为一种激素药物，其含量较短效避孕药高出两倍。其中大量的孕激素可能会导致乳房血管扩张，进而引起乳房肿胀，在碰触时会有明显的胀痛感。通常在经历一次月经后，这种胀痛会逐渐消退和恢复。
三、阴道不规则流血：
由于紧急避孕药中的孕激素含量较高，若三天内吃了两次，可能会导致孕激素在体内蓄积，进而出现阴道持续不断流血的情况。
四、内分泌失调：
紧急避孕药内含有大量激素，人体大量摄入后可能对卵巢功能产生不良影响，引起内分泌失调，这会波及到睡眠、皮肤以及月经等方面。具体表现为月经提前或者推迟，月经量也可能出现增多或减少的变化。
五、代谢功能障碍：
紧急避孕药还可能对胰岛B细胞功能有一定影响，导致患者体内胰岛素不足。而胰岛素在机体代谢中起着重要作用，胰岛素缺乏就会引发代谢功能障碍。
此外，还可能导致血栓形成。所以，一般不建议将其作为常规避孕手段。推荐1个月使用次数不超过1次，1年内不超过3次。对于暂时没有生育要求的夫妻，可以选择长效避孕方法，比如宫腔内置入节育器，或进行皮下埋植剂等措施。
总之，紧急避孕药虽然能起到一定的避孕作用，但短时间内多次服用会带来多种不良后果，应谨慎使用并合理选择避孕方式。