治疗结直肠炎需依据不同炎症类型采取不同处理方式，可能的感染类型包括结核分枝杆菌、细菌、病毒，还有自身免疫性疾病等，按照不同类型选取相应药物对症治疗效果佳。
一、结核分枝杆菌感染：通常伴有低热、盗汗、消瘦、乏力等结核中毒表现。一般建议选用3至4种抗结核药物联合治疗，效果较好，常用的有利福平、吡嗪酰胺、异烟肼等。因为这些药物能有效抑制结核分枝杆菌的生长和繁殖，从而缓解症状。
二、细菌感染：往往有显著腹泻，伴有里急后重等症状，通过大便常规可明确诊断。一般建议选择敏感抗生素对症治疗，常用药物如头孢他定、头孢克肟、氧氟沙星等。必要时可进行粪便细菌培养加药敏试验，以筛选出有效的抗生素，实现针对性治疗。比如头孢他定对于一些革兰氏阴性菌有较好的抗菌活性；头孢克肟对于部分细菌也有较强的作用；氧氟沙星则对多种细菌有效。
三、病毒感染：其症状与细菌感染有明显差异，血常规提示淋巴细胞增多可明确诊断。治疗上建议选用抗病毒药物对症治疗，如利巴韦林、阿昔洛韦等。利巴韦林能抑制病毒核酸的合成，起到抗病毒效果；阿昔洛韦对多种病毒有抑制作用。
四、自身免疫性肠炎：主要因自身免疫问题引发肠道炎症，常伴有黏液脓血便，通过自身免疫抗体检查可明确诊断。治疗上一般建议选用柳氮磺吡啶类药物对症治疗效果较好，也可选择激素类药物如甲泼尼龙、泼尼松等，还可选择免疫抑制剂治疗，如甲氨蝶呤、环磷酰胺等。柳氮磺吡啶类药物可改善肠道炎症；激素类药物能减轻炎症反应；免疫抑制剂能调节免疫功能，缓解病情。
总之，对于结直肠炎，明确其具体类型后选择合适的药物进行针对性治疗至关重要。