阴茎皮肤有小疙瘩可能由多种原因引起，以下是一些常见的情况和治疗方法：
1.珍珠状阴茎丘疹：这是一种常见的良性病变，通常表现为阴茎冠状沟处的珍珠状、半透明丘疹，无自觉症状。一般不需要治疗，如果患者有治疗需求，可以通过激光、冷冻等物理方法去除疣体。
2.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。表现为阴茎、龟头、冠状沟等部位的疣状赘生物。治疗方法包括物理治疗、药物治疗和免疫疗法等。物理治疗包括激光、冷冻、电灼等，药物治疗常用的有咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等，免疫疗法包括局部注射干扰素等。
3.阴茎湿疹：可能与过敏、局部刺激等因素有关。表现为阴茎皮肤红斑、丘疹、水疱等，伴有瘙痒。治疗方法主要是去除病因，保持局部清洁干燥，避免搔抓。可以外用糖皮质激素乳膏、炉甘石洗剂等，严重者可以口服抗组胺药物。
4.阴茎皮脂腺异位症：是一种正常的生理变异，病因不明。表现为阴茎皮肤上的淡黄色或白色小丘疹，无自觉症状。一般不需要治疗，如果患者有治疗需求，可以通过激光、冷冻等方法去除。
5.其他：阴茎皮肤有小疙瘩还可能是传染性软疣、扁平湿疣、阴茎癌等疾病的表现。如果小疙瘩持续不消失、逐渐增大、出现疼痛、瘙痒、出血等症状，应及时就医，明确诊断，进行针对性治疗。
需要注意的是，以上治疗方法仅供参考，具体治疗方案应根据患者的具体情况而定。如果发现阴茎皮肤有小疙瘩，建议及时就医，避免自行用药或处理，以免延误病情。同时，注意个人卫生，保持阴茎清洁干燥，避免不洁性行为。