卵巢囊肿做手术的危害主要包括以下方面，且因自身病情程度不同而存在差异。
一、月经不规律：在进行卵巢囊肿手术过程中，可能会对卵巢产生一定刺激，进而导致体内性激素水平异常，这就可能引发月经时间提前或延长等情况。不过这通常属于正常生理现象，一般在三个月内可自行调节，无需特殊治疗。
1.手术对卵巢的刺激：手术操作可能会直接影响到卵巢组织。
2.性激素水平异常：这种异常会进一步影响月经的规律性。
二、生育能力下降：卵巢是女性生殖内分泌极其重要的器官，主要功能是产生卵子。进行囊肿手术后，卵巢正常组织剩余量会相对减少，从而影响患者的卵巢功能，可能出现卵子减少的状况，进而导致生育能力下降。
1.卵巢的重要作用：强调其在生育方面的关键地位。
2.手术对卵巢功能的影响：剩余组织少会带来一系列后果。
总之，卵巢囊肿手术的危害与病情程度密切相关，以上这些危害并不一定会在每个患者身上都出现，具体情况因人而异。