巧克力囊肿复发率主要指术后复发率，其范围大概在20%至30%之间，不过有些女性甚至可高达50%以上。所以实际上巧克力囊肿术后复发具体几率在临床中并无确切数据，且复发几率与术后是否有辅助药物联合治疗关联较大，若手术未给予后续干预和护理，复发几率会更高。巧克力囊肿通常是因有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上而形成，可通过手术方式治疗，但术后很难将所有有活性的子宫内膜完全去除，从而存在复发可能性。
一、手术后需使用促性腺激素释放激素拮抗剂来抑制子宫内膜增生，可降低复发几率。一般来说，若术后进行药物联合治疗，复发几率不高，约在20%至30%；但如果只是单纯手术而未进行术后继续治疗，复发率则较高，可能达50%以上。
总之，巧克力囊肿术后复发率受多种因素影响，要根据具体情况来判断，术后的合理治疗和干预对于降低复发率很重要。