睡到半夜腰两边疼可能由多种原因引起，比如腰肌劳损，这类人群白天过度劳累后，夜间可能出现腰两侧疼痛，一般疼痛程度较轻，休息后可缓解。另外，腰椎间盘突出也可能导致，据统计，约15%的人会在夜间因腰椎间盘突出出现腰两边疼痛，尤其在半夜时神经受压可能加重疼痛。还有肾脏疾病，像肾结石，当结石移动时，也会引起腰两侧的疼痛，疼痛较为剧烈，可能伴有血尿等症状。
可能的疾病因素
腰肌劳损：
长期姿势不良： 长时间久坐、久站或者弯腰工作的人，比如办公室职员、流水线工人等，腰部肌肉长期处于紧张状态，容易引发腰肌劳损，夜间休息时可能出现腰两边疼的情况。一般疼痛部位比较局限，按压时能找到明确的痛点。急性损伤未恢复： 腰部曾经有过急性扭伤，如搬重物时姿势不当，没有得到充分休息和规范治疗，也可能发展为腰肌劳损，进而导致半夜腰两边疼。
腰椎间盘突出：
年龄因素： 30 - 50岁的人群是腰椎间盘突出的高发年龄段，这个阶段腰椎间盘退变比较明显，容易发生突出。突出的椎间盘压迫周围神经，就可能在半夜出现腰两边疼痛，还可能伴有下肢放射性疼痛、麻木等症状。姿势不当诱发： 睡眠时如果姿势不正确，比如床垫过软或过硬，导致腰椎生理曲度改变，会加重椎间盘对神经的压迫，从而引发腰两边疼。
肾脏疾病：
肾结石： 肾结石患者半夜腰两边疼通常是因为结石在肾脏或输尿管内移动，刺激尿路黏膜引起。疼痛呈绞痛样，疼痛程度较剧烈，有的患者还会出现恶心、呕吐等症状，部分人尿液中可发现血丝。结石大小不同，处理方式也不同，直径小于6毫米的结石有自行排出的可能，可通过大量饮水促进排出。肾炎： 肾小球肾炎等肾脏炎症性疾病也可能导致腰两边疼，同时可能伴有蛋白尿、水肿等表现，水肿一般从眼睑、面部开始，逐渐蔓延至全身。不同类型的肾炎治疗方案不同，比如急性肾炎多需要休息、对症治疗，有的可能需要使用抗生素控制感染。
生活方式相关因素
床垫不合适：
床垫过软： 床垫过软会使身体凹陷，脊柱无法保持正常生理曲度，腰部肌肉和椎间盘长时间处于不正常的受力状态，夜间就容易出现腰两边疼。一般睡过硬或过软的床垫后，第二天早上会感觉腰不舒服，时间长了就可能发展为半夜疼痛。床垫过硬： 床垫过硬会让腰部与床垫接触部位压力过大，局部血液循环不畅，也会引起腰两边疼。合适的床垫应该是在躺下后，脊柱能保持自然的S型曲线，腰部有一定支撑感。
运动量过大：
运动后恢复不足： 白天进行了高强度的运动，如长跑、登山等，没有给身体足够的时间恢复，肌肉中会积累乳酸等代谢产物，夜间休息时可能出现腰两边疼。一般运动后适当拉伸、按摩可以促进恢复，若没有做好恢复，就容易引发疼痛。突然增加运动量： 突然从很少运动的状态变为大量运动，腰部肌肉还不适应这种强度，也会导致半夜腰两边疼。比如平时不怎么运动，突然去爬了很久的山，第二天晚上就可能出现腰两侧疼痛。