脐带囊肿的引起原因目前尚不完全明确，可能与多种因素有关。一般认为，胎儿时期的一些发育异常等情况可能导致脐带囊肿出现。
胚胎发育因素相关
原始脐尿管残留： 在胚胎发育过程中，原始脐尿管如果没有正常退化，可能会形成囊肿样结构，进而导致脐带囊肿的出现。这种情况是胚胎发育过程中的一种异常分化表现。脐血管发育异常： 脐带内的脐血管发育出现异常，比如血管的走行、结构等发生改变，可能会引发局部形成囊肿。例如脐血管的分支出现异常扩张等情况，就有可能导致囊肿在脐带部位形成。
染色体异常相关
染色体数目异常： 有研究发现，部分脐带囊肿可能与胎儿染色体数目异常有关。比如常见的21 - 三体综合征等染色体数目异常的情况，可能会伴随脐带囊肿的发生。一般来说，染色体数目异常导致的脐带囊肿，往往还会伴有其他超声表现异常等情况。染色体结构异常： 染色体结构出现异常时，也可能影响脐带的发育，从而引发脐带囊肿。虽然染色体结构异常导致脐带囊肿的具体机制还不是完全清晰，但相关研究表明两者存在一定关联。
其他可能因素
感染因素： 胎儿在发育过程中，如果受到某些病毒等病原体的感染，可能会影响脐带的正常发育，增加脐带囊肿的发生风险。不过目前关于感染具体如何导致脐带囊肿的详细机制还需要进一步深入研究。环境因素： 孕妇在孕期接触某些不良环境因素，如过多接触放射性物质、化学毒物等，可能会对胎儿脐带的发育产生不良影响，进而引发脐带囊肿。但这类因素导致脐带囊肿的具体作用途径和机制还需要更多的研究来明确。