脐带囊肿的成因目前尚不十分明确，可能与多种因素有关。一般认为，脐带囊肿的发生可能与胎儿时期的发育异常相关，比如胚胎时期脐尿管残余等情况可能会导致脐带囊肿出现。
从胚胎发育角度分析
原始肠管残余相关： 在胚胎发育过程中，若原始肠管的某些残余组织发生异常变化，有可能引发脐带囊肿。正常胚胎发育时，原始肠管会逐渐演变形成正常的结构，如果出现残余组织留存，就可能在脐带部位形成囊肿样结构。脐尿管残余因素： 脐尿管是胎儿时期连接膀胱与脐部的管道，正常情况下，胎儿出生后脐尿管会逐渐闭锁退化。但如果脐尿管部分未完全退化，残留的部分可能会导致脐带部位出现异常，进而形成囊肿。
从染色体方面考虑
染色体异常可能： 有研究发现，部分脐带囊肿可能与胎儿染色体异常存在关联。例如，某些染色体数目或结构的异常，可能会影响胎儿脐带的发育，从而增加脐带囊肿发生的几率。不过，并不是所有的脐带囊肿都一定伴有染色体异常，只是存在这样一种相关的可能性。特定染色体异常情况： 比如21 - 三体综合征等染色体疾病相关的胎儿，发生脐带囊肿的概率可能会相对高一些，但这也不是绝对的，只是有一定的统计学上的关联。
从胎盘血液循环角度探讨
血液循环相关影响： 脐带的血液循环对于胎儿的营养供应和代谢废物排出至关重要。如果脐带部位的血液循环出现局部异常，比如局部血管发育或血流动力学改变，可能会影响脐带组织的正常生长，导致囊肿形成。例如，局部血管通透性改变，使得液体在脐带组织内积聚，逐渐形成囊肿样结构。血流动力学变化： 当脐带局部的血流速度、压力等发生异常变化时，可能会干扰脐带组织的正常生理状态，进而促使囊肿的形成。不过目前对于这种血液循环异常具体如何引发脐带囊肿的机制还在进一步研究中，但可以确定存在这样一种潜在的关联。