萎缩性胃炎的治疗药物选择需根据具体情况而定，一般常用药物包括抑酸剂、胃黏膜保护剂等。通常来说，规范用药配合生活调整才能更好地改善病情，但很难说哪种药吃了就“好得快”，而是要综合来看。
常用抑酸药物
质子泵抑制剂：像奥美拉唑，能抑制胃酸分泌，减少胃酸对胃黏膜的刺激，一般可每日服用1 - 2次，疗程通常在4 - 8周左右。H₂受体拮抗剂：例如雷尼替丁，通过阻断组胺H₂受体来减少胃酸分泌，用法是口服，每日2次。
胃黏膜保护药物
铋剂：枸橼酸铋钾是常见的铋剂，它可以在胃黏膜表面形成保护膜，隔绝胃酸等对胃黏膜的损伤，通常每日服用4次，饭前半小时和睡前服用。弱碱性抗酸剂：铝碳酸镁算一种，能中和胃酸，迅速缓解胃痛等不适，可根据需要随时服用，一般每日服用3 - 4次。
针对幽门螺杆菌感染的药物
如果萎缩性胃炎是由幽门螺杆菌感染引起的，需要进行联合用药。一般是质子泵抑制剂+铋剂+两种抗生素的组合。比如质子泵抑制剂用奥美拉唑，铋剂用枸橼酸铋钾，抗生素可选阿莫西林、克拉霉素等，疗程通常为10 - 14天。不过抗生素的使用要注意，对青霉素过敏者不能用阿莫西林，需要换用其他合适的抗生素。
需注意的特殊情况
老年人：老年人服用药物时要更谨慎，因为他们肝肾功能可能有所减退，在选择药物种类和剂量时需要医生特别评估，避免药物蓄积中毒。有基础疾病者：如果同时患有心脏病、糖尿病等基础疾病，使用某些治疗萎缩性胃炎的药物可能会有相互作用，比如服用奥美拉唑时，要告知医生自己的基础疾病情况，让医生判断是否适合使用及调整方案。