唇腭裂产生的原因目前尚未完全明确，但一般认为是多种因素综合作用的结果。大约有2%-3%的新生儿会出现唇腭裂相关问题。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有唇腭裂患者，那么后代发生唇腭裂的风险会增加。研究发现，唇腭裂是一种多基因遗传性疾病，多个基因的突变或变异可能参与其中。比如，若父母一方患有唇腭裂，其子女患病的概率比正常人群要高很多，大约在4%左右；如果父母双方都患有唇腭裂，子女患病概率会上升到10% - 15%。特定基因关联： 有一些特定的基因与唇腭裂的发生密切相关，例如MSX1基因、IRF6基因等。当这些基因发生突变时，就可能影响胚胎面部发育，从而增加唇腭裂的发生风险。
母体孕期因素影响
孕期感染： 孕妇在孕期如果感染了某些病毒，如风疹病毒，就会显著提高胎儿患唇腭裂的几率。在怀孕早期（妊娠前3个月），如果孕妇感染风疹病毒，胎儿发生唇腭裂的风险可达到15% - 20%。另外，孕妇感染巨细胞病毒等其他病毒，也可能对胎儿面部发育产生不良影响。孕期用药不当： 孕妇在孕期服用某些药物也可能导致唇腭裂。比如，孕期服用抗癫痫药物，像苯妥英钠等，会使胎儿唇腭裂的发生风险增加。有研究表明，服用抗癫痫药物的孕妇，其胎儿唇腭裂的发生率比未服药孕妇高2 - 3倍。孕期营养缺乏： 孕妇在孕期缺乏某些重要营养素，如叶酸。叶酸对于胚胎的正常发育至关重要，尤其是在神经管和面部发育阶段。如果孕妇叶酸摄入不足，胎儿发生唇腭裂的风险会明显升高。一般建议孕妇在孕前3个月至孕早期3个月每天补充400微克的叶酸，以降低胎儿畸形的发生风险。
环境因素作用
辐射暴露： 孕妇在孕期接触过量的辐射，例如在放射科工作或者频繁接受X线检查等，会增加胎儿患唇腭裂的可能性。如果孕妇在妊娠早期受到较大剂量的辐射，胎儿唇腭裂的发生率会比正常情况高出不少。环境污染： 孕期处于污染较为严重的环境中，如长期接触工业废气、农药等，也可能影响胎儿发育，导致唇腭裂。比如长期生活在化工厂附近的孕妇，胎儿唇腭裂的发生风险相对较高。