唇腭裂的发生是多种因素共同作用的结果。据研究，唇腭裂的发生概率大约在1‰~2‰左右。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有唇腭裂，那么后代发生唇腭裂的风险会增加。有数据显示，约有20%左右的唇腭裂患儿是由于遗传因素导致的，若一级亲属（父母、兄弟姐妹等）中有唇腭裂患者，子代患病风险比普通人群高很多。特定基因关联： 目前已经发现一些与唇腭裂相关的基因，比如MSX1、IRF6等基因发生突变或异常时，就容易增加唇腭裂发生的可能性。
环境因素影响
母体孕期感染： 女性在孕期如果感染了如风疹病毒等病原体，就可能影响胎儿面部发育，增加唇腭裂发生几率。研究表明，孕期感染风疹病毒的孕妇，其胎儿患唇腭裂的风险比未感染的孕妇高3 - 4倍。孕期药物影响： 孕妇在孕期服用某些药物也可能导致胎儿唇腭裂。例如，孕期服用一些抗癫痫药物等，会干扰胎儿面部发育过程，使得唇腭裂发生风险上升。孕期营养缺乏： 孕妇在孕期如果缺乏维生素，像维生素A、维生素B2等，会影响胚胎的正常发育，进而增加唇腭裂发生的可能性。有研究发现，孕期严重缺乏维生素A的孕妇，胎儿唇腭裂发生率明显高于维生素摄入正常的孕妇。
其他因素情况
孕期不良生活习惯： 孕妇如果在孕期大量吸烟、酗酒，也会增加胎儿患唇腭裂的风险。吸烟的孕妇所生胎儿患唇腭裂的概率比不吸烟孕妇高约2倍，酗酒的孕妇胎儿发生唇腭裂的风险也会显著升高。接触有害物质： 孕期接触一些有害物质，比如工业污染中的某些化学物质等，也可能干扰胎儿面部发育，导致唇腭裂出现。