新生儿巨细胞病毒感染的治疗，目前主要有抗病毒药物治疗等方式。对于部分有症状或免疫缺陷的新生儿，更昔洛韦是常用的抗病毒药物之一，它可以抑制巨细胞病毒的DNA合成，起到抗病毒的作用。
常用抗病毒药物
更昔洛韦： 是治疗新生儿巨细胞病毒感染的常用药物，能抑制病毒DNA聚合酶，阻止病毒复制。但使用时需密切监测血常规等指标，因为可能会有骨髓抑制等副作用。缬更昔洛韦： 是更昔洛韦的前体药物，口服后可在体内转化为更昔洛韦发挥作用，对于新生儿巨细胞病毒感染也有一定疗效，相对更昔洛韦，口服给药更方便，但同样要注意其可能的副作用。
治疗中的监测要点
血常规监测： 在使用抗病毒药物治疗新生儿巨细胞病毒感染过程中，要定期监测血常规，一般建议每周监测1 - 2次，观察白细胞、血小板等指标的变化，因为更昔洛韦等药物可能会引起白细胞减少、血小板降低等情况。肝功能监测： 新生儿巨细胞病毒感染常累及肝脏，所以要定期监测肝功能，包括转氨酶、胆红素等指标，了解肝脏受损情况以及治疗后肝脏功能的恢复情况，通常每1 - 2周监测一次肝功能。
特殊人群注意事项
早产儿： 早产儿发生巨细胞病毒感染时，治疗需更加谨慎。由于早产儿各器官功能发育尚未成熟，在使用抗病毒药物时，要根据其体重、日龄等调整药物剂量，并且要密切观察药物的不良反应，因为早产儿对药物的代谢和耐受能力与足月儿不同。低体重儿： 低体重儿感染巨细胞病毒后进行治疗，同样要关注药物对其各器官的影响。在治疗过程中，要加强营养支持，因为低体重儿自身营养储备不足，而抗病毒治疗可能会对其身体状况有一定影响，需要综合评估治疗方案对低体重儿生长发育的影响。