羊水穿刺和无创产前检测都是产前筛查染色体异常的方法，一般来说，无创产前检测的价格在2000~3000元左右，羊水穿刺费用大概在2000~3000元，不过不同地区、不同医院收费会有差异。相对而言，无创产前检测更简便，是通过采集孕妇外周血来检测胎儿染色体异常，准确率能达到90%以上；而羊水穿刺准确率更高，能达到99%以上，但属于有创检查，有0.5%左右的流产风险。
适用人群方面
无创产前检测：适合年龄在35岁以下且不存在高危因素的孕妇，比如一般的唐筛临界风险孕妇可以先选择无创。另外，错过唐筛时间但还在孕20周+6天之前的孕妇也能做无创。羊水穿刺：适用于唐筛高危的孕妇，还有孕中期超声发现胎儿结构异常的孕妇，以及夫妇一方有染色体异常的孕妇等。比如夫妇一方是平衡易位携带者，就更适合做羊水穿刺来明确胎儿染色体情况。
检测时间不同
无创产前检测：最佳检测时间是孕12~22周+6天，而且在这个时间段内越早做越好。羊水穿刺：最佳检测时间是孕16~22周+6天，因为这个时候羊水量相对充足，穿刺风险相对较低。
检测内容有别
无创产前检测：主要检测常见的三体综合征，也就是21-三体综合征（唐氏综合征）、18-三体综合征和13-三体综合征。羊水穿刺：除了能检测上述三体综合征外，还能检测染色体数目异常和结构异常，比如能诊断出染色体平衡易位、罗伯逊易位等结构异常情况，对于一些特定的单基因遗传病也可以通过羊水穿刺进行基因检测来明确。