头疼且体温低于36摄氏度，可能与以下因素相关：不注意保暖、低血压、低血糖、上呼吸道感染、病毒性胃肠炎、甲状腺功能减退症等。
一、不注意保暖：当处于环境温度偏低的状况下而未采取有效的保暖措施时，就可能对体温中枢的自我调节功能产生影响，导致体温下降。在体温下降的过程中，可能会因脑血管收缩而使脑供血不足，进而引发头部不适症状，如头疼等。这种情况下建议及时增添衣物、被褥或提升环境温度来改善症状。
二、低血压：若测量血压时发现患者血压在90/60mmHg以下，则可考虑存在低血压症状。血压降低会致使机体各个组织的血液供应量下降，从而引起一系列身体不适表现，此间患者还可能反复出现眼前发黑、头晕等症状。可通过休息并遵医嘱服用生脉饮口服液、益气养血口服液、归脾丸等温补类药物来进行调理。
三、低血糖：多与血糖浓度降低以及机体各个组织细胞的能量供给不足有关。在此期间患者可出现心慌、出汗、乏力、饥饿以及精神不集中、意识不清等症状。可通过饮用葡萄糖水或白糖水等含糖饮料来缓解。
四、上呼吸道感染：病毒感染后，免疫系统会释放炎症介质来应对病毒，这些炎症介质可能引起局部炎症反应，还有可能导致体温调节中枢紊乱，造成局部组织充血和水肿，从而引发头疼和体温低的情况。一般可遵医嘱服用利巴韦林片、阿莫西林片、磷酸奥司他韦胶囊等药物进行治疗。
五、病毒性胃肠炎：胃肠受到病毒感染引发炎症反应，可能干扰体内正常的循环调节机制，包括神经系统和体温调节中枢。这些紊乱可能导致血流动力学改变和体温调节失常，进而导致体温降低和头疼，同时还会伴有腹痛、腹泻等症状。通常可遵照医嘱服用蒙脱石散、盐酸洛哌丁胺胶囊、阿昔洛韦片等药物进行治疗。
六、甲状腺功能减退症：当甲状腺功能减退时，身体的新陈代谢会减慢，导致体温下降，还有可能影响血液循环，导致血液供应不足，从而引起头疼。一般可在医生指导下服用布洛芬缓释胶囊、甲状腺片、左甲状腺素钠片等药物进行治疗。
总之，当出现头疼且体温低于36摄氏度时，可能是上述多种因素导致，必要时需及时前往正规医院进行诊断和治疗。