胃肠型感冒通常可以使用对症治疗的药物来缓解症状，一般通过合理用药能在几天内改善不适。
缓解症状类药物
缓解发热、头痛类：对乙酰氨基酚可以用于缓解胃肠型感冒引起的发热、头痛等症状，它能抑制前列腺素合成，发挥解热镇痛作用。布洛芬也有类似功效，能减轻炎症反应带来的发热、头痛不适，但儿童使用需注意剂型和剂量。缓解鼻塞、流涕类：氯苯那敏等抗组胺药物可缓解胃肠型感冒导致的鼻塞、流涕症状，它能竞争性阻断组胺H₁受体，减轻鼻黏膜充血、水肿，缓解流涕、打喷嚏等症状，但可能会引起嗜睡等不良反应，用药后不宜驾驶车辆等。
调节胃肠道功能类
调节肠道菌群类：双歧杆菌三联活菌胶囊等可调节胃肠型感冒引发的肠道菌群失调，它能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，维持肠道正常菌群平衡，帮助改善因感冒影响的肠道功能。地衣芽孢杆菌活菌胶囊也有类似作用，能促进肠道有益菌生长，调整肠道菌群。保护胃肠黏膜类：铝碳酸镁可以保护胃肠型感冒时受刺激的胃肠黏膜，它能中和胃酸，并在黏膜表面形成保护屏障，减轻胃酸、病菌等对胃肠黏膜的刺激，缓解胃痛、胃胀等不适。硫糖铝也能在溃疡或炎症处形成保护膜，保护胃肠黏膜免受进一步损伤。
抗病毒类药物
常用抗病毒药物：如果是由病毒感染引起的胃肠型感冒，在发病早期可以考虑使用利巴韦林等抗病毒药物，但利巴韦林有一定的副作用，使用需谨慎。更昔洛韦也有抗病毒作用，但一般用于较为严重的病毒感染情况，要在医生评估后使用。不过，大多数胃肠型感冒是自限性疾病，靠自身免疫力就能恢复，不一定都需要使用抗病毒药物，主要还是以对症治疗为主。