三叉神经痛的病因目前尚未完全明确，一般认为主要与以下因素有关。大约有 90% - 95%的原发性三叉神经痛是由于三叉神经根部受到血管压迫引起的，比如小脑上动脉、小脑前下动脉等血管压迫三叉神经，导致神经脱髓鞘，从而引发异常放电，导致疼痛发作。
神经损伤因素
外伤引发： 头面部受到外伤后，有可能损伤三叉神经，从而引发三叉神经痛。比如头部遭受撞击等外伤情况，就可能破坏三叉神经的正常结构和功能，进而导致疼痛出现。炎症影响： 三叉神经周围的炎症也可能波及神经，引发疼痛。像鼻窦炎等炎症，如果没有得到及时有效的控制，炎症蔓延可能影响到三叉神经，导致三叉神经出现炎性反应，引发疼痛症状。
血管病变因素
动脉硬化影响： 随着年龄增长，动脉硬化的发生率会增加。动脉硬化会使血管壁增厚、变硬，弹性减退，可能影响到供应三叉神经的血管，导致神经供血不足，从而引发三叉神经痛。一般在 50 岁以上的人群中，由于动脉硬化导致三叉神经痛的情况相对较多见。血管畸形问题： 脑部存在血管畸形时，也可能影响三叉神经的正常血供和神经传导。血管畸形会使局部血管结构异常，血液流动出现紊乱，进而影响到三叉神经，导致疼痛发生。
其他因素
精神因素： 长期的精神紧张、焦虑、抑郁等不良情绪状态，可能会诱发三叉神经痛。比如一些人长期处于高压工作环境，精神一直高度紧张，就可能增加三叉神经痛的发病风险。遗传因素： 虽然遗传因素在三叉神经痛发病中所占比例不是特别大，但有研究发现，少数三叉神经痛患者存在一定的家族遗传倾向。如果家族中有亲属患有三叉神经痛，那么其他家庭成员发病的风险可能会相对增高。