霉菌阴道炎主要通过抗真菌药物治疗，一般规范用药1-2周能取得较好效果。
常用治疗药物
抗真菌药物：常见的有克霉唑制剂，如克霉唑栓，它能抑制霉菌生长。还有咪康唑制剂，像硝酸咪康唑栓，也可有效针对霉菌。另外，制霉菌素制剂也是常用的，比如制霉菌素片，局部使用能发挥抗真菌作用。
治疗中的注意事项
用药时间：一般建议在晚上睡前用药，这样药物能在阴道内停留较长时间，利于药物充分发挥作用。用药前最好用温水清洗外阴，保持局部清洁干燥，能提高药物疗效。性伴侣处理：男性感染霉菌虽大多无症状，但也可能成为传染源，所以女方治疗霉菌阴道炎时，男性最好同时进行检查，若感染也需进行相应处理，避免交叉感染。
特殊人群需注意
孕妇：孕妇患霉菌阴道炎需谨慎用药，应在医生指导下选择对胎儿影响小的药物，比如局部使用克霉唑制剂，因为口服抗真菌药物可能对胎儿有不良影响。糖尿病患者：糖尿病患者由于血糖高，阴道内环境易滋生霉菌，这类患者治疗霉菌阴道炎时，要积极控制血糖，只有血糖得到良好控制，霉菌阴道炎才更易治愈，且能减少复发几率。