灰指甲的治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来改善。通常外用药物治疗疗程较长，口服抗真菌药物见效相对快些，但需要注意药物的副作用等情况。比如口服抗真菌药伊曲康唑，采用冲击疗法治疗灰指甲，一个疗程大概需要几个月时间。
外用药物治疗
局部涂抹制剂： 像阿莫罗芬搽剂就可以用于灰指甲的治疗。它需要每周涂抹1 - 2次，一般要连续使用几个月，才能看到比较明显的效果。使用时要先把病甲清洁干净，然后均匀涂抹在病甲及周围皮肤上。复方聚维酮碘搽剂： 这种搽剂也可用于灰指甲，它能逐步渗透到病甲内部，起到抑制真菌的作用。使用前同样要清洁病甲，然后涂抹药液，不过要注意如果皮肤有破损或者过敏等情况就不适合使用。
口服药物治疗
伊曲康唑： 它是一种常用的抗真菌口服药，采用间歇冲击疗法，即冲击治疗期每天服用2次，每次2粒（0.2g），连服1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。但在服用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝功能有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。特比萘芬： 也是口服抗真菌药，一般是每天服用250mg，连续服用12周 - 16周左右。不过同样需要监测肝功能，孕妇和哺乳期女性要避免使用。
手术治疗
病甲清除术： 对于病情较轻的患者，可以采用手术拔除病甲。不过术后要注意护理，防止感染，一般拔除病甲后还需要配合外用或口服抗真菌药物巩固治疗。但手术会有一定的创伤，恢复需要一定时间。激光治疗： 现在也有激光治疗灰指甲的方法，激光可以直接作用于病甲下的真菌，破坏真菌的生存环境。不过激光治疗可能需要多次进行，而且不同患者的治疗效果可能有所差异，费用相对也可能较高。