怀孕两个月肚子疼，原因包括异常妊娠及其他疾病。
一、异常妊娠。
1.怀孕两个月时肚子疼可能是先兆流产或宫外孕等异常妊娠情况所致。此时需尽快前往医院进行B超检查。
(1)若检查显示子宫腔内有积血，那么很可能是先兆流产。
(2)若显示胚胎长在子宫以外的位置，则表明是宫外孕。这两种情况都需要尽快进行治疗。
二、其他疾病。
1.怀孕两个月肚子疼也可能是由盆腔和腹腔的其他疾病引起。
(1)比如肠炎可导致肠绞痛。
(2)盆腔炎可引发神经性疼痛。
(3)泌尿系结石导致输尿管痉挛时也会引起肚子疼。
总之，怀孕两个月肚子疼的原因多样，当出现这种情况时要及时就医，通过检查明确具体原因，并采取相应的治疗措施。