唇腭裂主要是由遗传因素和环境因素共同作用引起的。据统计，约有20%~30%的唇腭裂患儿有家族遗传倾向，如果家族中有唇腭裂患者，那么后代患病风险比普通人群高一些。
遗传因素方面
单基因遗传因素： 某些单一的基因突变可能会导致唇腭裂发生。比如研究发现，一些特定染色体上的基因发生突变时，就有可能影响胚胎面部发育相关的细胞分化、增殖等过程，进而引发唇腭裂。多基因遗传因素： 唇腭裂是多基因遗传性疾病，是多个基因与环境因素相互作用的结果。多个基因的微小变化累加起来，再加上环境等因素的影响，就会增加唇腭裂的发病几率。比如多个与面部发育相关的基因协同作用出现异常，就可能导致胚胎在发育过程中面部结构融合出现障碍，从而引发唇腭裂。
环境因素方面
孕妇孕期感染： 孕妇在怀孕期间如果感染了某些病毒，如风疹病毒等，就容易增加胎儿患唇腭裂的风险。比如怀孕早期感染风疹病毒，病毒可能通过胎盘影响胚胎面部发育，干扰面部组织的正常融合。孕妇孕期接触有害物质： 孕妇在孕期接触一些有害物质，像某些化学毒物、药物等。例如长期接触农药等化学制剂，或者在不知情的情况下服用了一些可能导致胎儿畸形的药物，都可能影响胚胎的正常发育，使得面部结构在形成过程中出现异常，引发唇腭裂。孕妇孕期营养缺乏： 孕妇孕期如果缺乏某些重要的营养物质，比如缺乏叶酸等。叶酸对细胞的分裂和生长非常重要，孕期叶酸缺乏会影响胚胎的正常发育，包括面部组织的发育，增加唇腭裂发生的可能性。比如孕妇在备孕和孕期没有补充足够的叶酸，就可能使胎儿发生唇腭裂的风险升高。
其他因素方面
孕妇孕期的生活习惯： 孕妇孕期吸烟、酗酒等不良生活习惯也可能影响胎儿发育。吸烟产生的有害物质会通过胎盘影响胎儿，酗酒会干扰胎儿的正常生长发育过程，都可能增加胎儿出现唇腭裂等畸形的风险。比如孕妇每天吸烟超过一定量，或者大量饮酒，胎儿患唇腭裂的几率会比正常孕妇所生胎儿高不少。孕期母亲的精神状态： 孕妇在孕期如果长期处于精神紧张、焦虑等不良精神状态下，可能会通过神经内分泌系统影响胎儿的发育，增加唇腭裂等先天性畸形的发生风险。比如孕期长期压力过大，导致体内激素水平等发生变化，进而影响胚胎面部结构的发育。