新生儿呼吸暂停的治疗需根据具体情况来定。一般来说，对于轻度的新生儿呼吸暂停，可通过刺激法等非药物方式干预。
一般处理措施
保持呼吸道通畅： 将新生儿头部轻度后仰，使气道保持通畅，必要时可给予吸氧，维持血氧饱和度在正常范围，通常血氧饱和度需维持在90%~95%左右。监测生命体征： 密切监测新生儿的呼吸、心率、血氧饱和度等生命体征，及时发现病情变化。
药物治疗方面
茶碱类药物： 氨茶碱是常用药物之一，它可以刺激呼吸中枢，增加通气量。但使用时要注意监测血药浓度，因为血药浓度过高可能会引起不良反应。枸橼酸咖啡因： 也是治疗新生儿呼吸暂停的药物，相比氨茶碱，其疗效可能更稳定，不良反应相对较少。不过具体使用哪种药物需要医生根据新生儿的具体状况来判断。
针对原发病治疗
低血糖引起的呼吸暂停： 如果是低血糖导致的呼吸暂停，需要及时纠正低血糖。可以通过静脉输注葡萄糖溶液来提升血糖水平，一般需要将血糖维持在正常范围，比如2.6mmol/L以上。感染引起的呼吸暂停： 若是感染因素导致的呼吸暂停，需要积极进行抗感染治疗。根据感染的病原体选用合适的抗生素等抗感染药物，要足量足疗程使用，以控制感染，从而缓解呼吸暂停的症状。
其他治疗手段
持续气道正压通气（CPAP）： 对于一些呼吸暂停较明显的新生儿，可采用CPAP。通过给气道提供一定压力的气体，维持气道的开放，改善通气状况。一般压力要调整到合适范围，通常在4~8cmH₂O左右。机械通气： 如果上述治疗措施效果不佳，病情较重时可能需要进行机械通气。机械通气需要严格掌握指征，根据新生儿的具体情况设置合适的潮气量、呼吸频率等参数，以保证有效的气体交换。