月经干净后第三天同房相对来说怀孕风险较低，但不是绝对安全的。一般月经周期规律的女性，排卵期通常在下次月经前14天左右，月经干净后第三天距离排卵期还有一段时间，此时卵泡尚未发育成熟，怀孕概率大概在5% - 10%左右，但仍有怀孕可能。
月经周期与排卵期的关系
月经周期规律的情况： 对于月经周期为28 - 30天的女性，月经持续3 - 7天左右，月经干净后第三天大约处于月经周期的第7 - 8天，这个时候卵泡还处于早期发育阶段，排卵的可能性较小，所以怀孕几率相对低。但如果月经周期较短，比如21天左右，月经持续5天，那月经干净后第三天可能就接近排卵期了，怀孕风险会增加。月经周期不规律的情况： 如果女性月经周期不规律，就很难通过月经干净时间来准确判断是否处于安全期。因为不规律的月经会导致排卵期紊乱，可能会提前或推迟排卵，这时候月经干净后第三天同房就有怀孕的可能。比如有些女性月经周期在25 - 35天波动，就无法用固定的月经干净时间来判断是否安全。
其他避孕相关因素
紧急避孕的局限性： 不能把月经干净后第三天同房后的紧急避孕作为常规避孕方法。紧急避孕药一般在无保护性生活后72小时内服用有效，但它有一定的副作用，比如可能会导致月经紊乱等，而且避孕成功率不是100%，约85%左右，所以不能依赖紧急避孕来应对这种情况。安全套的作用： 如果担心怀孕，可以使用安全套来避孕。安全套不仅可以降低怀孕的风险，还能在一定程度上预防性传播疾病，正确使用安全套的避孕成功率能达到95%以上，是比较可靠的避孕方式之一。
特殊人群需注意
年轻女性： 年轻女性如果还没有生育计划，要了解自己的月经周期情况，尽量选择可靠的避孕方式，避免意外怀孕。因为频繁的意外怀孕后进行人工流产等操作，会对身体造成一定伤害，比如可能引起子宫内膜损伤、感染等问题。更年期女性： 更年期女性月经周期也会发生变化，同样存在排卵不规律的情况，月经干净后第三天同房也有怀孕风险，而且更年期女性怀孕后流产等风险相对较高，所以更要注意采取合适的避孕措施。