月经干净后第三天同房，相对来说怀孕的概率较低，但不是绝对安全的。一般月经周期规律的女性，排卵期通常在下次月经前14天左右，月经干净后第三天距离排卵期有一定时间间隔，此时卵泡还未发育成熟，受孕几率较小，但也有部分女性月经周期短，排卵期可能提前，仍有怀孕可能。
月经周期与排卵期的关系
正常月经周期中，卵泡期一般持续10 - 14天左右，月经干净后第三天处于卵泡期早期，这时候卵巢内的卵泡还很小，还没有发育成熟并排卵，所以这个时候同房怀孕的概率相对较低。但不同女性月经周期长短不一，如果月经周期较短，比如21天左右，那么月经干净后第三天可能已经接近排卵期，就有怀孕的风险。
其他影响因素
宫颈黏液情况：月经刚干净时，宫颈黏液黏稠，不利于精子穿透进入子宫腔，所以降低了受孕的可能性。但随着时间推移，到了接近排卵期时，宫颈黏液会变得稀薄、透明，有利于精子通过。个体差异：有的女性月经周期不规律，很难通过月经干净时间来准确判断是否处于安全期。而且还有一些意外情况，比如受到情绪、环境等因素影响，排卵可能会提前或者推迟，这样月经干净后第三天同房就有可能赶上排卵而导致怀孕。
采取避孕措施的必要性
虽然月经干净后第三天怀孕概率相对低，但为了避免意外怀孕，最好还是采取有效的避孕措施，比如使用避孕套等。因为即使是所谓的安全期，也不是百分之百安全的，存在一定的排卵提前或推迟导致意外怀孕的可能。而且意外怀孕后进行人工流产等操作会对女性身体造成一定伤害，所以不要单纯依靠月经干净时间来判断同房是否安全，采取可靠的避孕措施才是更稳妥的做法。