怀孕两个月时，胎儿停止发育的主要原因有以下几点：
1.胚胎因素：胚胎染色体异常是早期流产的主要原因。约50%-60%的早期流产是由胚胎染色体异常引起的。
2.母体因素：
内分泌异常：如黄体功能不全、多囊卵巢综合征、高泌乳素血症等，可能影响胚胎发育。
子宫畸形：如子宫纵隔、子宫黏膜下肌瘤等，可能影响胚胎着床和发育。
生殖道感染：如支原体、衣原体、风疹病毒、巨细胞病毒等感染，可能导致胚胎停止发育或流产。
其他：如严重的全身性疾病、严重的营养不良、创伤、吸烟、酗酒等，也可能影响胚胎发育。
3.父亲因素：精子染色体异常也可能导致胚胎停止发育。
4.环境因素：过多接触放射线、化学物质等，也可能导致胚胎停止发育。
如果在怀孕两个月时发现胎儿停止发育，需要及时就医，进行清宫手术，以清除宫腔内的残留物，避免发生感染等并发症。术后需要注意休息，加强营养，保持外阴清洁，同时需要查找胎儿停止发育的原因，并进行针对性的治疗。如果是胚胎染色体异常引起的，通常需要进行遗传咨询和进一步的检查。如果是其他原因引起的，需要积极治疗原发病，为下次怀孕做好准备。
在备孕和怀孕期间，需要注意以下几点，以预防胎儿停止发育：
1.保持良好的生活习惯，如戒烟戒酒、规律作息、均衡饮食等。
2.避免接触有害物质，如放射线、化学物质等。
3.积极治疗全身性疾病，如高血压、糖尿病、甲状腺功能异常等。
4.注意个人卫生，避免感染。
5.在医生的指导下进行备孕和孕期检查，及时发现和处理问题。