造成胎儿三个月停止发育的原因有很多，主要包括以下几点：
1.胚胎因素：胚胎染色体异常是早期流产的主要原因。染色体异常包括数量异常和结构异常。除了遗传因素，环境因素如辐射、化学物质等也可能导致胚胎染色体异常。
2.母体因素：
内分泌失调：怀孕后，女性体内的激素水平会发生变化。如果母体的内分泌系统出现问题，如黄体功能不足、甲状腺功能减退等，可能会影响胚胎的发育。
子宫异常：子宫是胚胎着床和生长的地方，如果子宫存在结构异常、子宫畸形、子宫内膜息肉等问题，可能会导致胎儿停止发育。
感染：母体感染某些病原体，如风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等，可能会感染胎儿，导致胎停育。
免疫因素：母体的免疫系统对胎儿产生排斥反应，也可能导致胎停育。
3.父亲因素：精子的质量也可能影响胚胎的发育。如果父亲的精子存在染色体异常或其他问题，可能会导致胚胎停止发育。
4.环境因素：孕妇在怀孕期间接触到有害物质，如化学物质、辐射、噪音等，可能会影响胚胎的发育。
5.其他因素：孕妇的年龄、生活习惯、营养不良等因素也可能增加胎停育的风险。
需要注意的是，以上只是一些常见的原因，具体情况需要根据孕妇的个体情况进行综合分析。如果出现胎儿停止发育的情况，孕妇应及时就医，进行详细的检查和诊断，以便采取相应的治疗措施。同时，孕妇在怀孕期间应注意保持良好的生活习惯，避免接触有害物质，保持心情愉悦，有助于胎儿的健康发育。