唇腭裂的发生是多种因素综合作用的结果。目前认为，大约有20% - 30%的唇腭裂与遗传因素相关，如果家族中有亲属患有唇腭裂，那么后代患病风险会增加。
遗传因素方面
单基因遗传： 某些特定的单基因缺陷可能导致唇腭裂发生，比如研究发现一些与胚胎发育相关的基因发生突变时，就可能影响面部组织的正常融合，从而引发唇腭裂。多基因遗传： 唇腭裂是多基因遗传性疾病，由多个基因与环境因素共同作用导致。多个基因的微小变化叠加，再加上环境等其他因素影响，就可能使胎儿出现唇腭裂。
环境因素方面
母体营养缺乏： 孕妇在孕期如果缺乏某些重要营养物质，像维生素A、维生素B2以及叶酸等，会增加胎儿发生唇腭裂的风险。例如，孕期严重缺乏叶酸时，胎儿面部发育过程中相关组织的融合可能受到阻碍。药物影响： 孕妇在孕期服用某些特定药物也可能导致唇腭裂。比如，孕期服用抗癫痫类药物，这类药物可能干扰胎儿面部发育的正常进程，增加胎儿出现唇腭裂的几率。感染因素： 孕妇在怀孕早期如果感染了某些病毒，如风疹病毒等，病毒可能通过胎盘影响胎儿发育，导致面部结构融合异常，引发唇腭裂。放射性物质接触： 孕妇在孕期接触过多的放射性物质，会对胎儿的发育产生不良影响，包括增加唇腭裂的发生风险。比如在放射科工作且防护不当，长时间接触放射性物质，就可能影响胎儿面部组织的正常发育。
其他因素方面
烟酒刺激： 孕妇在孕期大量吸烟或饮酒，烟草中的尼古丁和酒精中的乙醇等成分会通过胎盘影响胎儿，干扰胎儿面部的正常发育，使唇腭裂的发生几率大大提高。年龄因素： 孕妇的年龄也与唇腭裂的发生有关。孕妇年龄过大（如超过35岁）或过小（如低于20岁），胎儿发生唇腭裂的风险相对较高。高龄孕妇身体机能等方面有所变化，可能影响胎儿发育环境；而年轻孕妇自身发育还未完全成熟，也可能增加胎儿出现唇腭裂的可能性。