要区分两个孕囊是同卵还是异卵，可从以下几方面判断。一般来说，怀孕早期通过B超检查来初步区分，通常在怀孕6 - 7周左右做B超观察。
从绒毛膜性判断
双绒毛膜（DCDA）：如果是异卵双胞胎，通常是两个孕囊各自有独立的绒毛膜，这种情况下两个孕囊之间有较厚的分隔，分隔由两层绒毛膜和两层羊膜组成。单绒毛膜（MCDA）：同卵双胞胎如果是在受精后7 - 13天内分裂，会形成单绒毛膜双羊膜囊，此时两个孕囊之间的分隔只有两层羊膜；如果是受精后13天以后分裂，则可能形成单绒毛膜单羊膜囊等情况，单绒毛膜性是同卵双胞胎的重要特征之一。
从性别判断
异卵双胞胎：异卵双胞胎是由两个不同的卵子分别受精形成，所以性别可能相同也可能不同。如果两个孕囊的胎儿性别不同，那肯定是异卵。同卵双胞胎：同卵双胞胎是由一个受精卵分裂而来，性别是相同的。但需要注意，性别相同不一定完全是同卵，但性别不同则一定是异卵。不过仅通过性别判断有一定局限性，因为存在少数特殊情况。
从基因检测判断
DNA检测：最准确的方法是通过DNA检测来区分。同卵双胞胎的基因几乎完全相同，而异卵双胞胎的基因相似度和普通兄弟姐妹一样。不过这种方法一般是在医学需要精确判断时才会采用，比如一些遗传性疾病相关的排查等情况，通常在怀孕中晚期可能会涉及此类基因检测来明确双胎的类型。