男性生殖器上长小痘痘的处理需先明确病因。其可能是生殖器疱疹所致，主要表现为生殖器出现水泡、糜烂等，可遵医嘱服用阿昔洛韦片或盐酸伐昔洛韦片等药物治疗。也可能是尖锐湿疣引起，主要有疼痛、瘙痒、异物感且质地柔软等表现，可在医生指导下服用泛昔洛韦片或阿昔洛韦片等进行治疗。患者患病期间一定要注重个人卫生，私人用品需与家人分开使用，以防传染。
一、生殖器疱疹：
1.表现：生殖器出现水泡、糜烂等症状。
2.治疗药物：阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片等。
二、尖锐湿疣：
1.表现：疼痛、瘙痒、异物感，质地柔软等。
2.治疗药物：泛昔洛韦片、阿昔洛韦片等。
总结概况提示：男性生殖器上长小痘痘要先确定具体病因，针对生殖器疱疹和尖锐湿疣这两种可能的情况，有相应的症状表现和治疗药物，同时患者在患病期间要做好个人卫生和私人用品的管理。