甲状腺囊肿形成的原因较多，可能与碘摄入异常、先天性因素、炎症等有关。一般来说，碘摄入不合适是常见原因之一，比如人群中约有5% - 10%的人可能因碘摄入不足或过多引发甲状腺相关问题进而导致囊肿形成。
一、碘摄入异常相关
碘摄入不足： 当人体长期处于碘摄入不足的状态时，会影响甲状腺激素的合成。甲状腺为了代偿性地产生更多激素，会出现增生等情况，久而久之可能引发甲状腺囊肿。比如一些偏远地区，由于饮食中碘含量匮乏，当地居民患甲状腺相关疾病包括囊肿的几率相对较高。碘摄入过多： 相反，如果碘摄入过多，也会干扰甲状腺的正常功能，导致甲状腺组织代谢紊乱，增加甲状腺囊肿的发生风险。例如长期大量食用含碘丰富的海产品，且没有把控好量，就可能引发这类问题。
二、先天性因素影响
甲状舌管退化不全： 在胚胎发育时期，如果甲状舌管退化不全，就可能形成先天性的甲状腺囊肿。这种情况从胚胎发育阶段就已经埋下隐患，是一种先天性的结构异常导致的甲状腺囊肿成因。甲状腺发育异常： 胚胎时期甲状腺发育出现异常，如甲状腺组织分布不正常等，也可能引发甲状腺囊肿。这是由于胚胎发育过程中甲状腺的正常分化、迁移等出现偏差，使得甲状腺组织出现病变，形成囊肿。
三、炎症相关因素
甲状腺炎引发： 自身免疫性甲状腺炎等炎症性疾病可能波及甲状腺组织，引起甲状腺组织的损伤、修复等一系列过程，在这个过程中容易形成囊肿。比如慢性淋巴细胞性甲状腺炎，炎症长期刺激甲状腺，会导致甲状腺组织的结构和功能发生改变，进而引发囊肿。细菌感染导致： 当甲状腺受到细菌等病原体感染时，也可能引发炎症反应，炎症刺激甲状腺组织，使得局部组织液积聚等，从而形成囊肿。例如细菌侵入甲状腺组织引起感染，导致甲状腺出现炎症性病变，最终形成囊肿。