儿童扁桃体发炎常用的药物主要有抗生素类、清热解毒类等。一般来说，细菌感染引起的扁桃体发炎可能需要使用抗生素，而病毒感染引起的多以对症治疗为主。
抗生素类药物
青霉素类： 如果儿童对青霉素不过敏，细菌感染导致的扁桃体发炎可考虑使用青霉素类药物，比如阿莫西林。它通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用，对多种引起扁桃体发炎的细菌有较好的疗效。头孢菌素类： 常用的有头孢克洛等。这类药物抗菌谱较广，对革兰阳性菌和部分革兰阴性菌都有作用，对于扁桃体发炎由敏感菌引起的情况可以选用。不过使用前要确认儿童没有头孢菌素类药物过敏史。
清热解毒类中成药
小儿咽扁颗粒： 具有清热利咽、解毒止痛的功效，可用于小儿肺卫热盛所致的扁桃体发炎，缓解咽喉肿痛等症状。它由金银花、射干、金果榄等多种中药组成，能减轻炎症反应带来的不适。蓝芩口服液： 主要成分有板蓝根、黄芩、栀子等，有清热解毒、利咽消肿的作用，对儿童扁桃体发炎引起的咽痛、咽干等症状有一定的缓解作用。
对症缓解症状的药物
退烧药： 当儿童扁桃体发炎伴有发热时，若体温超过38.5℃，可使用对乙酰氨基酚混悬滴剂。它能通过抑制前列腺素的合成来发挥解热镇痛作用，一般间隔4 - 6小时可以重复使用，24小时内不超过4次。含片类： 比如小儿咽扁含片等，可局部缓解扁桃体发炎引起的咽部不适，但要注意3岁以下儿童使用时需谨慎，避免误吞。