消化功能紊乱的症状较多，常见的有腹胀，约有50%的消化功能紊乱患者会出现不同程度的腹胀，尤其在进食后更为明显。还可能有腹痛，疼痛程度和部位不固定，一般为隐痛或胀痛，发作时间也无规律。
消化道相关症状
恶心与呕吐：部分消化功能紊乱患者会出现恶心，严重时可能引发呕吐，呕吐物多为胃内未消化的食物。食欲不振：患者会感觉没有明显的饥饿感，对食物缺乏兴趣，进食量明显减少。
全身伴随症状
疲劳乏力：由于消化功能紊乱影响营养物质的吸收，身体得不到充足的能量供应，患者会经常感到疲劳，即使休息后也难以恢复精力。体重变化：如果消化功能紊乱长期存在，可能会导致体重下降，因为营养吸收不良，身体消耗的能量无法得到足够补充；但少数人也可能因胃肠功能紊乱导致食欲异常增加，进而出现体重上升的情况。
肠道功能异常表现
腹泻或便秘：有的患者会出现腹泻，大便次数增多，质地较稀；而有的患者则表现为便秘，大便干结，排便困难，排便间隔时间延长。肠鸣音异常：消化功能紊乱时，肠道蠕动可能会出现异常，导致肠鸣音亢进或减弱，患者自己有时能听到肚子咕噜咕噜响（肠鸣音亢进），或者感觉肠道蠕动很弱。