消化功能紊乱会出现多种症状。一般来说，大约有超过30%的人会经历消化不良相关的不适。
胃肠道不适表现
腹痛： 多为腹部隐痛或胀痛，位置不固定，可能在肚脐周围等部位，疼痛程度轻重不一，有的患者疼痛会呈间歇性发作。腹胀： 感觉腹部胀满，尤其在进食后更为明显，有时会持续数小时甚至一整天，导致食欲受到影响。
进食相关症状
食欲变化： 可能出现食欲减退，对平时喜欢的食物也提不起兴趣，进食量明显减少；也有少数人会出现食欲亢进，总是感觉饥饿，但吃下去后又会有不舒服的感觉。恶心呕吐： 没有明显诱因的情况下出现恶心，严重时会伴有呕吐，呕吐物多为胃内的内容物，有时可能带有少量胆汁。
排便异常情况
腹泻： 大便次数增多，每天可能排便3次以上，大便质地稀薄，呈水样或糊状，严重时会出现脱水等情况。便秘： 排便困难，大便干结，排便次数减少，可能每周排便少于3次，排便时会感觉费力。
其他伴随症状
乏力： 患者会感觉身体没有力气，精神状态不佳，即使经过休息也不能很好地缓解这种乏力感。失眠： 部分消化功能紊乱的人会出现睡眠障碍，难以入睡或者睡眠浅，容易醒来，长期失眠会进一步影响身体的整体状况。