手足口疫苗的副作用一般比较轻微，多数人不会出现明显严重反应。据临床观察，接种后常见的局部副作用是接种部位可能出现红肿、疼痛，一般1~2天可自行缓解，发生概率相对较低，大约在10%以内；全身副作用可能有低热，体温通常在37.5℃~38.5℃之间，持续时间较短，多数在1~2天内恢复正常，出现概率也相对较低，大概5%左右。
局部副作用表现
接种部位红肿： 接种手足口疫苗后，少数人接种部位会出现红肿情况，红肿范围一般比较局限，直径通常在2~5厘米左右，一般不需要特殊处理，保持局部清洁干燥，避免搔抓，通常1~2天会自行消退。接种部位疼痛： 部分受种者会感到接种部位有疼痛感，这种疼痛一般为轻度疼痛，多数人可以耐受，不需要服用止痛药物，1~2天内疼痛会逐渐减轻直至消失。
全身副作用表现
低热情况： 接种后可能出现低热，体温大多在37.5℃~38℃之间，少数人可能会达到38.5℃。一般低热持续时间较短，多数在1天内体温可恢复正常，个别人可能会持续1~2天。轻微不适： 少数受种者可能会出现轻微的不适症状，比如乏力、精神稍差等，但这些症状通常比较轻微，不影响正常的日常生活和活动，一般1~2天内会自行缓解。
特殊人群副作用情况
婴幼儿： 婴幼儿接种手足口疫苗后，出现副作用的表现可能与成人有一定差异。比如在局部可能出现红肿，但婴幼儿可能不会准确表达疼痛，更多表现为接种部位的哭闹不安等；在全身方面，低热时可能不如成人那样容易察觉，有的可能仅表现为吃奶量减少等情况，但一般来说，婴幼儿出现的副作用也多是轻微的，且恢复相对较快。过敏体质者： 过敏体质者接种手足口疫苗后，出现副作用的风险可能相对稍高一些。局部可能出现较为明显的红肿，范围可能超过5厘米，并且红肿消退时间可能会稍长；全身可能除了低热外，还可能出现皮疹等过敏表现，如果出现严重的过敏反应，如呼吸困难、面部肿胀等，需要立即就医进行处理，但这种严重过敏反应发生的概率非常低，大概在百万分之几的概率。