手足口疫苗常见的副作用一般比较轻微，多数在接种后24~48小时内出现。比如局部可能出现红肿、疼痛，一般不需要特殊处理，1~2天可自行缓解；也可能出现低热，体温多在38℃以下，同样大多能自行消退。
局部反应情况
接种部位红肿：接种手足口疫苗后，部分宝宝接种部位会出现红肿现象，红肿范围一般比较局限，直径通常在2~5厘米左右，一般2~3天会慢慢消退。接种部位疼痛：有些宝宝会感到接种部位疼痛，不过这种疼痛程度大多较轻，一般不影响宝宝的日常活动，多数1~2天就会消失。
全身反应情况
低热表现：约有10%~20%接种手足口疫苗的宝宝会出现低热，体温一般在37.5℃~38℃之间，这种低热持续时间较短，大多1~2天就会恢复正常。轻微不适：少数宝宝可能会伴有轻微的烦躁、食欲减退等情况，但一般也能在较短时间内自行缓解，不需要进行特殊的医疗干预。
特殊人群注意事项
过敏体质宝宝：如果宝宝属于过敏体质，在接种手足口疫苗前一定要告知医生。因为过敏体质的宝宝接种后出现副作用的风险可能相对较高，要密切观察接种后的反应。有基础疾病宝宝：患有某些基础疾病的宝宝，比如正在患感冒、发热等疾病的宝宝，需要暂缓接种手足口疫苗。等基础疾病康复后再考虑接种，以免接种后副作用加重或者影响基础疾病的恢复。