扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，尤其是HPV-3型等病毒。据统计，约65%的扁平疣患者是通过直接或间接接触传播感染的。
病毒传播途径
直接接触传播： 比如与扁平疣患者直接皮肤接触，就有可能被感染。比如一起握手、共用毛巾等亲密接触情况，都可能让病毒从患者身上转移到健康人皮肤上。间接接触传播： 通过接触被患者污染的物品，像共用的衣物、餐具等，也能感染病毒。比如在公共浴室使用了被患者污染的浴巾，就有感染风险。
自身免疫力因素
免疫力低下人群易感染： 当人体免疫力较弱时，比如长期熬夜、过度劳累、患有慢性疾病等情况，身体抵御HPV的能力下降，就更容易感染扁平疣。像一些经常熬夜加班的上班族，相对来说比作息规律的人更易患上扁平疣。儿童和青少年更易中招： 儿童和青少年的免疫系统还在发育中，相对比较脆弱，所以他们感染扁平疣的几率比成年人更高。例如在学校里，儿童之间接触频繁，就更易相互传染。
皮肤破损的影响
皮肤破损提供感染机会： 皮肤如果有微小破损，比如被划伤、擦伤等，HPV就更容易侵入皮肤细胞，从而引发扁平疣。比如皮肤被树枝轻微刮伤后，没有及时处理，就可能感染HPV长出扁平疣。外伤后感染风险增加： 外伤会破坏皮肤的屏障功能，这时候感染HPV的可能性大大增加。像运动时不小心擦伤了皮肤，之后就有可能感染扁平疣。