肾结石形成主要与尿液中某些物质浓度过高，析出结晶并逐渐聚集有关。正常情况下，人体尿液中各种物质保持平衡，但当某些因素打破平衡，就易形成肾结石。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出量增加，或尿量过少，就可能让这些物质浓度过高，形成结晶，进而发展成肾结石。
代谢异常相关因素
尿液成分改变： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高时，就容易形成结石核心。例如，尿钙排泄增多，就会增加肾结石形成风险。研究发现，约有80%的肾结石患者存在钙代谢异常。尿量减少： 如果每天饮水量不足，尿量就会减少，尿液中结石物质的浓度就会升高，使得结晶更容易形成。一般建议每天饮水量要达到2000 - 3000毫升以上，若尿量长期少于1000毫升，就增加了肾结石发生几率。
局部因素影响
尿路梗阻： 当尿路存在狭窄、畸形等情况时，尿液排出受阻，就会导致尿液中物质沉积，从而引发肾结石。比如肾盂输尿管连接部狭窄的患者，就比正常人更容易长肾结石。尿路感染： 尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，让尿液中的晶体物质围绕其沉积，进而形成结石。有尿路感染病史的人，患肾结石的可能性比没有尿路感染的人要高。
饮食与生活习惯关联
高草酸食物摄入过多： 像菠菜、苋菜、巧克力、坚果等食物中草酸含量较高，如果长期大量食用，会使尿液中草酸浓度升高，增加肾结石形成风险。例如，经常大量吃菠菜的人，尿液中草酸水平会明显高于正常人群。高嘌呤饮食： 动物内脏、海鲜、红肉等属于高嘌呤食物，食用过多会使尿酸生成增加，尿酸排出增多时，就可能在肾脏形成尿酸结石。有数据显示，高嘌呤饮食人群患尿酸结石的几率比一般人群高很多。不爱运动： 长期缺乏运动，会导致尿液中的晶体物质更容易在肾脏沉积。比如长时间久坐不动的人，相比经常运动的人，肾结石发生风险会有所增加。