儿童长不高的原因有多种。一般来说，遗传因素是较为常见的原因之一，如果父母身高偏矮，儿童遗传到矮身高基因的概率相对较高，据统计，约70%的身高变异由遗传决定。
一、营养因素
营养摄入不足： 儿童处于生长发育阶段，对营养的需求较高。如果日常饮食中蛋白质、钙、磷等营养素摄入不足，就会影响骨骼的生长。例如，长期缺乏富含钙的食物，像牛奶、豆制品等，会阻碍骨骼的钙化，进而影响身高增长。营养不均衡： 挑食、偏食会导致儿童摄入的营养不全面。比如只爱吃肉，不爱吃蔬菜和水果，会造成维生素等微量营养素缺乏，影响生长激素的分泌和骨骼的正常代谢，从而影响身高发育。
二、疾病因素
内分泌疾病： 生长激素缺乏症是常见的导致儿童长不高的内分泌疾病。垂体分泌生长激素不足，会使儿童的生长速度明显减慢，每年身高增长低于5厘米。甲状腺功能减退症也会影响儿童身高，甲状腺激素分泌过少会影响机体的新陈代谢和生长发育，导致儿童生长迟缓、智力发育也可能受到影响。慢性疾病： 一些慢性疾病如先天性心脏病、慢性肾病等也会影响儿童的生长。例如，慢性肾病会使儿童体内代谢紊乱，影响营养物质的吸收和利用，同时肾脏分泌的促红细胞生成素等也会影响生长发育相关的调节机制，导致儿童身高低于正常水平。
三、睡眠因素
睡眠不足： 生长激素在睡眠时分泌旺盛，尤其是深睡眠期。如果儿童睡眠不足，会影响生长激素的分泌量。一般来说，学龄前儿童每天需要睡眠11~13小时，小学生需要9~11小时，中学生需要8~10小时，长期睡眠不足会阻碍身高增长。睡眠质量差： 睡眠环境不佳，如环境嘈杂、光线过亮等，会干扰儿童的深度睡眠，同样会影响生长激素的正常分泌，进而影响身高发育。