同完房生殖器官肿了还有点疼，原因可能有多种。对于女性来说，可能是阴道壁黏膜损伤、皮肤黏膜局部过敏、宫颈炎等情况所致。对于男性而言，则可能是包茎、生殖器损伤所引起。
一、女性方面：
1.阴道壁黏膜损伤：在男女同房过程中，如果动作过于激烈，同时前戏准备不充分，导致阴道分泌物不足，阴道较为干燥，缺少润滑，就很容易造成女性阴道壁黏膜受到损伤以及外阴血管充血，进而出现肿痛现象。
2.皮肤黏膜局部过敏：有些女性可能对男性的精液产生过敏反应，也可能对避孕套中的某些成分过敏，这会使皮肤黏膜局部产生过敏反应，导致同房后下面出现肿胀疼痛。
3.宫颈炎：如果女性患有宫颈炎，在同房时可能会加重炎症以及引起局部水肿，从而会有阴唇肿胀和疼痛的状况。
二、男性方面：
1.包茎：男性存在包皮覆盖阴茎头，且包皮不能上翻露出阴茎头，包皮口过于狭窄的情况，在同房时就容易出现出血、肿胀和疼痛等现象。
2.生殖器损伤：在同房时男性姿势不正确或者用力过度，致使生殖器表皮受到损伤，在一定程度上也可能出现肿疼的症状。
建议患者及时前往医院，通过检查明确原因后进行对症治疗。总之，当出现这种情况时，要重视并及时采取相应措施。