霉菌性龟头炎的治疗需将外用抗真菌药物与隔离霉菌来源相结合，必要时性伴侣要同时接受治疗。具体如下：
一、使用2%碳酸氢钠溶液清洗：用2%碳酸氢钠溶液浸洗包皮和阴茎头。因为霉菌性龟头炎主要病原菌是霉菌，其中常见的为白色念珠菌，对此可用碳酸氢钠溶液清洗，之后再涂抹派瑞松软膏或酮康唑软膏进行治疗。
1.派瑞松软膏：可用于治疗多种真菌引发的皮肤病等。
2.酮康唑软膏：对多种真菌有抑制和杀灭作用。
二、高锰酸钾稀释液：采用1:5000的高锰酸钾稀释液，稀释后将包皮龟头放入一次性杯子里泡洗，每天早晚各1次，每次泡洗5分钟，具有一定疗效。
三、涂抹克霉唑软膏：克霉唑软膏属于咪唑类抗真菌药物，主要成分是克霉唑，具有抗真菌效果，对皮肤癣菌、念珠菌等有较好杀灭作用。
四、口服氟康唑片：氟康唑片有良好的抗真菌功效，对念珠菌、毛癣菌属、表皮癣菌属及新型隐球菌等有一定抗菌作用。在治疗期间要避免性生活以防交叉感染，同时要注意清淡饮食，不可喝酒，不吃辛辣刺激生冷性食物，以免加重病情。对于经常复发霉菌性龟头炎且有包皮过长的患者，最好进行包皮环切术，经过这样的治疗通常不会再复发。一些龟头炎病因虽不太明确，但包皮过长以及包皮垢刺激常与龟头炎发生有关，所以男性应做好个人卫生，经常清洗下身，保持局部清洁，避免刺激。
总之，霉菌性龟头炎的治疗要综合多种方法，同时注意个人卫生等方面，以促进康复和减少复发。