自然流产是指妊娠不足28周、胎儿体重不足1000g而自行终止者，导致自然流产的原因较多。据统计，约50%~60%的早期自然流产是由胚胎染色体异常引起的。
染色体异常导致
胚胎染色体数目异常： 这是最常见的原因之一，比如多倍体（染色体组数超过正常）、三体（某一对染色体多了一条）等。常见的三体综合征如13 - 三体、18 - 三体、21 - 三体等都可能导致胚胎发育异常从而引发自然流产。胚胎染色体结构异常： 像染色体缺失、易位、倒位等结构方面的异常，也会影响胚胎的正常发育，增加自然流产的风险。例如平衡易位携带者，虽然自身表型正常，但孕育的胚胎很可能出现染色体不平衡，进而发生自然流产。
母体因素影响
内分泌异常： 女性的内分泌系统对维持妊娠至关重要。例如黄体功能不全，会导致孕酮分泌不足，而孕酮对于维持子宫内膜蜕膜化、支持胚胎发育很关键，孕酮不足就容易引起自然流产，据研究，约有20%~25%的早期流产与黄体功能不全有关。甲状腺功能异常也会影响妊娠，甲状腺功能减退或亢进都可能干扰胚胎的正常发育，增加自然流产的几率。生殖器官异常： 子宫畸形是常见的导致自然流产的生殖器官问题，如纵隔子宫、单角子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎着床和发育的空间，使胚胎难以正常生长，从而引发流产。子宫肌瘤也可能对妊娠产生影响，如果肌瘤较大或位于黏膜下，会影响宫腔内环境，阻碍胚胎着床或导致胎盘供血不足，增加自然流产的发生概率。
免疫因素作祟
自身免疫异常： 母体存在自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，体内会产生自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎组织，导致胚胎受损，引发自然流产。另外，抗磷脂综合征也是常见的与免疫相关的导致自然流产的疾病，患者体内存在抗磷脂抗体，会引起胎盘血管血栓形成，影响胎盘的血液供应，进而导致胚胎发育不良和自然流产。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足也可能导致自然流产。正常妊娠时，母体免疫系统对胚胎这种半同种异体抗原能够保持耐受，若这种耐受机制出现异常，母体免疫系统将胚胎识别为异物并进行攻击，就会引发自然流产。
外界不良因素干扰
环境因素： 过多接触某些有害的化学物质，如苯、甲醛、砷等，可能会影响胚胎的发育，增加自然流产的风险。孕妇长期处于高辐射环境中，如接受过量的X射线照射等，也可能导致胚胎细胞受损，引发自然流产。不良生活方式： 吸烟、酗酒也是导致自然流产的危险因素。孕妇吸烟会使尼古丁等有害物质进入体内，影响胎盘的血液循环，导致胎儿缺氧、发育受限，增加自然流产的发生概率。过量饮酒则可能直接损害胚胎细胞，干扰胚胎的正常发育过程，提高自然流产的发生率。