自然流产的原因较多，据统计，约50% - 60%的早期自然流产与胚胎染色体异常有关。
一、胚胎因素
染色体异常： 无论是夫妻任何一方的染色体存在数目或结构异常，都可能传递给胚胎，导致胚胎染色体异常，从而引发自然流产。例如，常见的染色体数目异常有三体、单体等情况，结构异常包括染色体缺失、易位等。基因异常： 除了染色体水平的问题，基因层面的异常也可能导致自然流产。一些单个基因的突变可能影响胚胎的正常发育，进而引发流产。
二、母体因素
内分泌异常： 甲状腺功能异常就是常见的内分泌问题之一。甲状腺功能减退时，体内激素水平紊乱，会影响胚胎的着床和发育，增加自然流产的风险。据研究，临床甲减患者自然流产率可高达26% - 45%。另外，多囊卵巢综合征患者体内的激素失衡，也会对妊娠产生不利影响，导致自然流产发生率升高。生殖器官异常： 子宫畸形是比较常见的生殖器官问题，如纵隔子宫、双角子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和生长环境，使得胚胎难以正常发育，从而引发自然流产。还有宫腔粘连的情况，宫腔粘连会导致宫腔有效容积减小，影响胚胎着床，增加流产风险。
三、免疫因素
自身免疫异常： 一些自身免疫性疾病会影响妊娠。比如系统性红斑狼疮，患者体内存在多种自身抗体，这些抗体可能攻击胎盘组织，破坏胎盘的正常功能，导致胚胎得不到充足的营养供应和支持，进而引发自然流产。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足也可能导致自然流产。正常妊娠时，母体免疫系统会对胚胎产生一定的免疫耐受，以保证胚胎的存活。但如果这种免疫耐受机制出现问题，母体免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，就会引起自然流产。
四、环境因素
化学物质接触： 孕妇长时间接触某些化学物质也可能增加自然流产的风险。例如，长期接触苯、甲醛等有毒化学物质，这些物质可能通过胎盘影响胚胎的发育，干扰胚胎细胞的正常分裂和分化，从而导致自然流产。辐射暴露： 过量的辐射暴露也会对胚胎造成损害。孕妇在职业或生活中接触到较高剂量的电离辐射，如医疗辐射检查时剂量过高，可能会损伤胚胎的染色体，引发自然流产。