抗病毒药物
干扰素：具有广谱抗病毒作用，可通过与细胞表面受体结合，激活细胞内抗病毒蛋白，抑制病毒复制。对于疱疹性咽峡炎由病毒感染引起的情况有一定的治疗作用，可采用雾化吸入的方式给药，儿童患者可在医生评估后使用。
利巴韦林：属于合成的核苷类抗病毒药，对多种DNA和RNA病毒有抑制作用。可用于疱疹性咽峡炎病毒感染的治疗，但使用时需注意其可能存在的血液系统等方面的不良反应，儿童使用需谨慎评估。
对症治疗药物
退热药物：当患者出现发热症状时，若体温超过38.5℃且伴有明显不适，可考虑使用退热药物。对于儿童患者，常用对乙酰氨基酚或布洛芬，需根据儿童的年龄、体重等因素，在医生指导下合理使用，以达到退热、缓解不适的目的。
缓解咽痛药物：如果患者咽痛较为明显，可使用含漱液等进行局部对症处理。例如生理盐水含漱，可清洁口腔，减轻局部炎症反应，缓解咽痛症状，儿童患者可在成人监护下使用。
疱疹性咽峡炎多由柯萨奇病毒等感染引起，具有自限性，一般病程在1周左右。在治疗过程中，要注意让患者多休息，多饮水，保持口腔清洁。对于特殊人群如儿童，要密切关注病情变化，若出现持续高热、精神萎靡等严重情况，应及时就医。同时，要避免盲目使用抗生素，因为疱疹性咽峡炎主要是病毒感染引起，抗生素对病毒无效。