飞秒近视手术是有一定副作用的，但发生率相对较低。一般来说，可能出现的副作用包括眼部干涩，约有10% - 20%的患者在术后短期内会有不同程度的眼部干涩感；还可能出现视力回退，大约1% - 5%的人可能会出现视力比术前略有下降的情况；另外，极少数人可能会出现感染，概率低于0.1%。
一、眼部干涩方面
术后早期表现： 飞秒近视手术会对角膜表面的神经纤维造成一定损伤，术后1 - 3个月内，约10% - 20%的患者会感觉眼部有干涩感。这是因为角膜神经修复需要一定时间，泪膜稳定性受到影响。缓解方法： 患者可遵医嘱使用人工泪液来缓解，比如玻璃酸钠滴眼液，每天可使用3 - 4次。同时要注意避免长时间使用电子设备，减少眨眼次数导致的泪液蒸发。
二、视力回退方面
发生情况： 视力回退的概率相对较低，大约在1% - 5%。通常是因为个体眼部情况不同，比如本身近视度数不稳定，或者术后不注意合理用眼，继续长时间近距离用眼、过度用眼等，导致眼轴可能有一定程度的变化或者角膜形态出现轻微改变，从而引起视力回退。预防措施： 术后要养成良好的用眼习惯，避免长时间近距离用眼，如连续看手机、电脑屏幕超过1小时以上，每用眼40分钟左右就要休息10 - 15分钟，可以眺望远处或者做眼保健操。同时要定期复查视力，一般术后1周、1个月、3个月、6个月都要去医院进行视力、眼压、角膜等检查。
三、感染方面
感染概率： 感染的概率低于0.1%，多是因为术后不注意眼部卫生，用手揉眼睛，或者污水进入眼睛等情况导致。比如在洗脸、洗澡时，污水溅入眼睛，就有可能引发眼部感染。预防要点： 术后要严格按照医生的要求使用抗生素眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，每天使用3 - 4次，持续1 - 2周。要保持眼部清洁，不要用手触碰眼睛，避免前往灰尘大、卫生条件差的场所。如果眼部出现红肿、疼痛、视力突然下降等情况，要及时就医。