男性阴茎短小能够借助手术或药物等方式来进行医治。
手术治疗：主要适用于那些药物治疗效果不好或没有效果的情况，通常要在青春期后阴茎发育稳定了才考虑手术。当下，多数专家认为成年患者阴茎牵拉长度小于8厘米时可以考虑手术治疗，不过在阴茎发育稳定后手术延长的效果比较有限，应该到正规医院的泌尿外科就诊，和专业医生详细探讨术后效果，慎重选择手术治疗。
药物治疗：因为个体存在较大差异，用药并不存在绝对的最好、最快、最有效。除了常用的非处方药外，应该在专业医生指导下，结合实际状况选择最为合适的药物。常用的药物有以下这些：
一、绒毛膜促性腺激素：对于低促性腺功能低下的男性，可以促进睾丸间质细胞的活动，从而增加睾酮的产生，推动性器官以及副性征发育、成熟。对于青春期前的儿童，本品不宜长期连续使用，偶尔可能会引发性早熟，进而使骨骺提前闭合，导致身高低于正常水平。此外，男性如果患有前列腺癌或其他雄激素依赖性肿瘤则不可使用，该药物过敏者也要禁用。
二、促性腺激素释放激素：能够模拟生理状态来促进性腺激素与雄激素的产生，进而重新启动青春期发育过程，诱导阴茎再次发育。具体的用法用量应在专业医生指导下使用。长期使用可能会引起骨质流失，有导致骨质疏松的风险。对促性腺激素释放激素、促性腺激素释放激素类似物或药品任何一种成分过敏者禁用。
三、睾酮：通过外源性补充睾酮，可以改善由于睾丸分泌睾酮不足所导致的阴茎短小。可以通过口服睾酮胶丸、肌肉注射睾酮、外用睾酮凝胶等方式来补充睾酮。
总之，对于男性阴茎短小的治疗，要根据具体情况选择合适的方法，手术需谨慎考虑，药物治疗要严格遵循医生指导。