传染性软疣主要通过局部治疗为主，一般采用夹除术比较常用，医生会用镊子将软疣小体完全夹除，然后外涂碘伏预防感染，通常一次夹除后就能改善，一般花费几十元左右。
局部物理治疗方法
刮除术： 用消毒过的刮匙将软疣小体刮除，操作时要把软疣小体彻底清除干净，之后局部要保持清洁，防止感染。冷冻治疗： 利用低温液氮使软疣组织坏死脱落，一般经过1 - 2次冷冻治疗，软疣可能会消退，冷冻后局部可能会有轻度肿胀、水疱等反应，但大多能自行恢复。
外用药物治疗情况
维A酸软膏： 可以调节上皮细胞的生长和分化，对传染性软疣有一定的治疗作用，但起效相对较慢，需要连续使用一段时间，比如几周时间，而且涂抹时要注意避免接触正常皮肤。斑蝥素： 是一种可以引起皮肤炎症反应的药物，能促使软疣病变部位坏死脱落，不过使用时要严格按照医生指导，因为它有一定刺激性。
特殊人群的注意事项
儿童患者： 儿童患传染性软疣时，在进行局部治疗如夹除术或冷冻治疗时，要尽量安抚儿童情绪，配合治疗。外用药物时要注意药物的刺激性，避免儿童搔抓导致病情加重或扩散。孕妇患者： 孕妇患传染性软疣一般不优先选择有刺激性的治疗方法，局部治疗时要特别谨慎，需由医生评估后选择相对安全的方式，外用药物也需要在医生指导下使用，因为要考虑对胎儿的影响。