儿童传染性软疣主要通过局部治疗为主，一般可以采用夹除术。通常医生会用镊子将软疣小体完全夹除，然后涂以2%碘酊，压迫止血即可，这是比较常用的方法，一般操作后恢复较快。
局部治疗方法
夹除术： 这是较为常用的方法，医生会用专门的器械将软疣小体逐个夹破，挤出内容物，然后外涂碘酊等进行消毒。一般操作比较迅速，对于单个或少数的软疣适用。冷冻治疗： 利用低温的液氮使软疣组织坏死脱落。冷冻治疗后局部可能会出现水疱，要注意保持局部清洁，避免感染，一般经过1 - 2周左右水疱会逐渐干涸结痂脱落。冷冻治疗适用于数量不多的传染性软疣。
药物辅助治疗
外用药物： 可以使用维A酸软膏等，维A酸软膏有调节表皮细胞分化等作用，可能对传染性软疣有一定的辅助治疗效果，但起效相对较慢，需要坚持使用一段时间。不过对于儿童使用维A酸软膏要谨慎，需在医生指导下使用，避免引起皮肤刺激等不良反应。
日常护理要点
避免搔抓： 儿童要注意不要搔抓长有传染性软疣的部位，因为搔抓可能会导致自身接种，使软疣扩散到身体其他部位，导致皮疹增多。保持皮肤清洁： 要让儿童保持皮肤清洁卫生，勤洗澡，洗澡时避免过度搓擦皮肤，防止皮肤破损。衣物要选择宽松、柔软、透气的，减少对皮肤的摩擦。注意隔离： 传染性软疣具有传染性，要让儿童避免与他人共用毛巾、衣物等物品，在家中也要与其他家人分开使用洗漱用品等，防止传染给他人。