扁桃体发炎时，常用的药物有抗生素类，比如青霉素类的药物，像阿莫西林等，如果对青霉素过敏，可以选用头孢类抗生素，如头孢克洛等，一般经过规范用药，多数患者在1~2周内症状能得到缓解。
抗生素类药物
青霉素类： 阿莫西林是常用的青霉素类药物，它通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥杀菌作用，对敏感菌引起的扁桃体发炎有较好疗效。不过使用前需要确认患者是否对青霉素过敏，如果有过敏史则不能使用。头孢类： 头孢克洛属于二代头孢，对多种细菌有抗菌活性，能有效针对引发扁桃体发炎的常见病菌。但同样要注意过敏问题，而且服用头孢类药物期间不能饮酒，否则可能会出现双硫仑样反应。
清热解毒类中成药
蓝芩口服液： 具有清热解毒、利咽消肿的作用，能缓解扁桃体发炎引起的咽痛等症状。它主要由板蓝根、黄芩、栀子等中药组成，副作用相对较小，儿童也可以在医生指导下使用，但3岁以下儿童需谨慎。蒲地蓝消炎口服液： 由蒲公英、黄芩、苦地丁、板蓝根组成，有清热解毒、抗炎消肿的功效，对于扁桃体发炎出现的红肿热痛等症状有一定的缓解作用，不过脾胃虚寒的患者服用后可能会出现腹痛、腹泻等不适，需注意观察。
对症治疗药物
解热镇痛药： 当扁桃体发炎伴有发热、头痛、咽痛较剧烈时，可以使用对乙酰氨基酚来退热止痛。一般成人每次服用0.5克，间隔4~6小时可以重复用药，24小时内不超过4克。儿童需根据体重按剂量服用，比如12岁以下儿童要在医生指导下使用相应的儿童剂型。含漱液： 复方硼砂含漱液可以用于扁桃体发炎的辅助治疗，它能清洁口腔、杀菌消炎，减轻局部炎症反应。使用时取适量含漱，一天可以用多次，但不能吞服。