扁桃体发炎时，常用的药物有抗生素类、清热解毒类等。一般细菌感染引起的扁桃体发炎，可选用青霉素类抗生素，如阿莫西林等，通常用药后几天内症状会有所缓解。
抗生素类药物
青霉素类： 像阿莫西林，对大多数引起扁桃体发炎的链球菌等有较好的抗菌作用。不过要注意，如果对青霉素过敏就不能用。一般来说，青霉素类药物通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用。头孢菌素类： 例如头孢拉定，也是常用的治疗扁桃体发炎的药物。它对多种细菌有抗菌活性，能有效抑制细菌生长繁殖来缓解炎症。但同样，对头孢类药物过敏者禁用。
清热解毒类药物
中成药： 有蒲地蓝消炎口服液，它具有清热解毒、抗炎消肿的作用，可辅助缓解扁桃体发炎引起的咽痛等症状。还有蓝芩口服液，能清热解毒、利咽消肿，对于扁桃体发炎导致的咽部不适有一定的改善作用。这些中成药一般是通过调节机体的免疫等功能来减轻炎症反应。
局部用药
含漱液： 复方硼砂含漱液，用它漱口可以清洁口腔，减轻扁桃体周围的细菌感染，缓解炎症带来的不适。使用时按照一定的浓度稀释后漱口，一天可以用几次。含片： 比如度米芬含片，含服后能吸附在细菌表面，改变细菌细胞膜的通透性，从而起到杀菌作用，缓解扁桃体发炎引起的疼痛等症状。
特殊人群用药注意
儿童： 儿童扁桃体发炎用药需谨慎，比如阿莫西林，2岁以下儿童使用要特别遵医嘱。因为儿童的肝肾功能还未发育完全，药物代谢与成人不同，所以用药剂量和种类都要严格听从医生指导。孕妇： 孕妇扁桃体发炎用药更要小心，像某些抗生素可能会对胎儿产生影响，需要医生评估后选择相对安全的药物，比如一些副作用较小的清热解毒中成药可能会被考虑，但也得在医生严密监测下使用。