阴茎疼痛可能由多种原因引起。比如阴茎外伤是常见原因之一，像性生活中过度用力、骑跨伤等都可能导致阴茎局部组织受损，出现疼痛。
炎症因素导致
龟头炎： 多因局部卫生不佳、细菌或真菌感染引起。患者龟头会出现红肿、疼痛，严重时可能有分泌物。比如一些不注意清洗下体的男性就容易患龟头炎导致阴茎疼痛。尿道炎： 由细菌感染尿道引发，除了有尿频、尿急症状外，也可能放射至阴茎，引起疼痛。急性尿道炎发作时，阴茎部位会有明显的灼热、疼痛感觉。
感染性因素
性传播感染： 像淋病、衣原体或支原体感染等性传播疾病，也会造成阴茎疼痛。例如感染淋病后，患者尿道会有脓性分泌物，阴茎勃起或排尿时疼痛加剧，这类疾病多通过不洁性行为传播。病毒感染： 如单纯疱疹病毒感染，可引起阴茎部位出现疱疹，伴有疼痛。发病初期可能先有局部的烧灼感，随后出现水疱，破溃后疼痛明显。
结石相关
尿道结石： 尿道内的结石会刺激尿道黏膜，导致阴茎疼痛。患者可能会感觉尿道内有异物感，排尿时疼痛加重，严重时排尿困难。较小的结石可能通过多饮水、多排尿尝试排出，较大的结石则需要就医处理。